以前在检测水中总大肠菌群时，一般都采用的是多管发酵法，这种方法，不仅检测时间长，而且培养基保存的时间短，阳性结构需要验证试验，操作步骤较为繁琐。而酶底物法检测方法以快速简便的特点弥补了传统方法的不足。酶底物法测总大肠菌群方法已在许多国家使用。
其实酶底物法与多管发酵法都是检测水中大肠菌群，结果差异无统计学意义上，说明多管发酵法和酶底物法均可用于生活饮用水中大肠菌群的定量测定。酶底物法与多管发酵法相比具有明显的优点。酶底物法操作简便，可以在24h内报告结果，且无需确认试验，大大地节省了人力物力。
此外，可同时检测水中大肠菌群和大肠埃希氏菌，能够较为准确地判定水样被粪便污染的情况，能够更好地满足突发事件及日常检测工作的要求。