一是原始骨基质发育异常，距骨内的原始胚芽缺陷引起距骨持续性跖屈和内翻，并继发多个关节及肌肉肌腱复合体的软组织改变。
二是神经肌肉单位内的软组织原发性异常，引起继发性骨性改变，小腿肌肉明显萎缩。
鉴别诊断：
1. 先天性跖骨内收：外观上于先天性马蹄足相类似，容易误诊，其有足前部内收及姿势性足内翻，但无马蹄畸形，在进行X光片检查时可以发现其正侧位片跟距角均正常，在背伸情况下患儿踝关节可以背伸到正常儿童程度（30度以上）。
2. 先天性垂直距骨：此类患儿为距舟关系异常导致的足部畸形，其外观与先天性马蹄足有较明显不同，但仍引起足够的重视，患儿足底部可以触及1枚明显凸起的骨头，为脱位的距骨头，踝关节活动范围缩小。X光片在极度跖屈情况下距舟关节呈脱位状态。
3. 扁平足畸形：患儿可有足部扁平，在婴幼儿期不明显。但年龄较大的患儿可有足部疼痛等不适，X光片提示：跟距角度正常，足弓消失。无需特殊治疗。
4. 多关节挛缩：先天性多关节挛缩症是指婴儿出生时即有2个或更多的关节先天性挛缩，其足部可表现为双侧马蹄内翻畸形。在婴幼儿阶段早期进行手法治疗，大多数患儿治疗效果满意。患儿生后最初的4个月中的治疗是至关重要的，手法治疗能改善关节活动度、保持和加强肌肉生长、减少手术。
5. 神经源性：各种神经原因引起的马蹄内翻畸形，包括：脊髓脊膜膨出、脊髓栓系、遗传性神经系统脱髓鞘疾病、脑瘫后遗症等，此类患儿治疗足部畸形较为僵硬且容易复发，治疗也应及早进行，但术后需要佩戴支具维持。
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