进行了某种处理而改变了其微生物正常补充的食品特别容易受环境微生物侵蚀。例如，酸牛奶、乳酪和其他奶制品，果汁、加味牛奶和主菜。蘑菇的生长有时也在洁净室里进行以防止条件性病原孢子生长过度。
果汁
奶制品
瑞士的酸牛奶、无菌牛奶或奶酪的加工，以及瑞典的腊肠包装中经常用到无菌处理。
公共和商业厨房
在需要准备许多食物的地方利用洁净室技术是有好处的。在法国Amiens，Sulzer公司为中心厨房设计了洁净室，那里每天要给在校学生、老年人及城市雇员准备12,000顿饭。Sulzer装备了ISO5级（100级）洁净室，以及必要的加热和冷藏设施。
酿酒厂
酿酒厂发现，为了保护其生啤酒，在填充操作中必须控制环境污染。采用洁净室进行封闭式填装作业，天花板上安装HEPA过滤器，地板带孔已经成为发展趋势。
传统系统中隧道式巴氏消毒法对产品进行各种高温处理，得到的产品在物理特性上发生变化。相比之下，对受控巴氏消毒法的无菌充装采用较低热处理，可在几方面改进产品的质量
在啤酒方面，可改进感官特性，例如香气味风格和新鲜度。还可提高多数产品的稳定性，延长储存期。而用于果汁，则避免了象管道巴式消毒法那样受到长时间高温处理，因而没有造成营养损失。结果，香味、口味及颜色等感官性能都得到改善。
面包房
糖果工业采用了生物洁净室技术。新的、越来越复杂的、包装新颖的糖果产品增加了对受控环境的需求（温度、湿度、细菌的水平，等等），以及生产过程的自动化，以便保证良好品质和耐久性。
设备
半导体工业和医药工业已经越来越多地使用隔离器以提供ISO4级（10级）或者更好的局部环境。现在隔离器供应商，例如LaCalhene，在报告中提到，食品饮料工业也采用这项技术，有下列理由：
卫生学——隔离器提供无菌环境，保护产品使其免受来自环境和操作者的污染，免受病原微生物和变异微生物的侵害。
销售——使用隔离器意味着不用借助于传统的防腐工艺就可以生产出自然的、无防腐剂的产品，因此，质地和产品的味道都不会受影响。
通风空气净化设备
洁净厂房设计，按照规范要求，设计一送回风系统。净化工程机房设在厂房顶侧(根据实地情况，可采用单元式净化系统的，不用设机房)，各送回风循环风管在技术夹层内与空调机组连接成系统。送回风管道采用镀锌钢板，经风阀软连接。镀锌钢板风管现场制作。