猪粪废水中氮、COD、BOD等物质的含量很高，如不妥善处理，会对地表水、地下水、土壤造成严重污染，进而影响到人体健康。前几年的禁养风暴和近些年的环保督查都是为了解决养殖废水污染问题。猪肉作为国内重要的消费所需品，在确保生猪供应的基础上，需要解决好养猪场粪尿污水的处理，来控制对环境的污染。
中型养猪场的粪便及冲洗污水进行一个固液分离处理，分离出来的固体可以堆积处理做肥料用，分离出来的水还是黑色的，进入一个调节池，在调节池内经过沉淀、酸化及均衡调节后进入沼气池来进行处理，沼气池也就是厌氧处理能降低百分之七八十的氮、COD等物质。在厌氧过程中会产生沼气，可以做发电、供热等应用。厌氧之后的水进入叠螺机，经过絮凝、浓缩、脱水，可以把污水中的大部分的悬浮物及其他的污染物絮凝成团，经过叠螺机的处理，污水中的大部分污染物被挤压成泥饼排出，分离出来的水基本变成清水就可以排放了。这样水中的污染物指标可能略高于二级排放标准，这样可以在水的排放周围种植芦苇或水葫芦来净化。
猪粪处理完的干粪送到化肥厂做成化肥，污水可以循环利用冲洗猪舍，或者在进行除氮达到排放标准直接排放。