大型公用建筑一般采用中央空调冷水机组进行夏季制冷冬季供热。中央空调水系统中运行的水，如同人的血液一样，是能量转换的载体，非常重要。天然水中含有各种物质，其中阳离子主要是钙离子、镁离子、钾+钠离子，阴离子主要是重碳酸根离子遇热后会析出碳酸盐水垢。钙、镁离子和硫酸根子遇热后会生成非硫酸盐水垢。结生的水垢。结生的水垢导热系数小，造成能源浪费，严重时会使设备不能正常运转。在夏季，水中会孳生细菌和藻类，细菌和藻类的尸体及活体会形成油性粘泥，粘附在水系统的管壁上，工业设备清洗亦能导致设备不能正常运转或浪费能源。另外设备在运行中，冷却水与大气进行交换时，会带入系统大量的空气，引起系统氧腐蚀;水垢及泥垢也会引起系统发生垢下腐蚀；水中的氯离子也会引起金属氯腐蚀。所以，必须进行水处理维护保养。新兴的物业部门只能进行中央空调的日常管理工作。至于中央空调的水处理工作，物业部门多采取和水处理公司承包式合作。
纵观全国上下的中央空调管理，发现不同程度地存在这样或那样问题，分析起来，相当一部分是由于设计部门不合理，甚至设计错误导致的。常见的不合理设计有以下几点：
1、 为了防垢，在水处理系统中设计了磁水器
磁水器的种类和名目繁多，称为电子除垢仪、高频水改仪等等，总之都是使水分子得到磁化（极化），而极化的水分子具有极强的电负性，吸引钙、镁离子，从而延缓其结垢时间，达到防垢目的。具有极强电负性的水分子也能剥蚀水垢和锈垢。因此有的厂家讲产品具有防垢、防腐、除垢、除锈的作用。的确，磁水器具有一定的上述这些正面作用。但是，不适合应用在中央空调的冷冻水系统中。因为电负性极强的水分子会对铁和铜造成严重危害。其负面作用远大于正面作用。
典型案例分析：上海交大申通广场（30层高）的进口中央空调，设计部门在水系统中设计并安装了十多台磁水器，其中仅冷冻水系统就安装了约十台磁水器，运行中没有再采取其他水处理方法。设备仅运行了一年半就产生了严重腐蚀。化验水样，水中铜离子高达50毫克/升以上（合格标准为铜离子≤0.2mg/L），铁离子高达200毫克/升以上（合格标准为铁离子≤1mg/L）。
为解决腐蚀问题，三年前水处理专家王雅珍教授请到现场进行诊断。从冷冻水系统的循环水泵入水侧取样时，有成团的红色铁锈随水涌出，在200M1锥形瓶底约有8mm厚的成絮状的铁锈，由此可见水系统的锈蚀是相当严重的。冷冻水系统中的10台磁水器都在工作。王教授要求立即将冷冻水系统的磁水器全部关掉，冷却水系统保留一台工作。并指出这就是系统发生严重腐蚀的根源。同时推荐采用YZ型系列药剂进行防垢防腐。从1999年底至今该广场中央空调采用了YZ型系列药剂，加强了运行管理。投药后，设备既不长垢，又不生锈，两个月内水质达标。检测水样：铜离子含量<0.2mg/L（几乎检测不出），铁离子含量<0.5 mg/L。
2、 冷却水系统中安装倒Y字型除污器
目前各中央空调冷水机组水口前的立管上都安装了倒Y字型除污器，这种除污器只能捕捉设备运行初期的建筑垃圾，不能在日常运行中捕捉细小的水垢和锈垢，因此会引起冷凝器结垢、积泥及积其它杂质。正确的做法应是：在冷凝器的入水中前，安装一台立式除污器（同热水锅炉水系统中的除污器），将冷却水系统中各种杂质截流在除污器中。
3、 在空调机组冷却水和冷冻水的出水侧没有设计快速排污阀
目前很多单位的中央空调冷却水端板或冷冻水端板都没有安装快速排污阀，部分单位还堵住了这些排污口，其实这种做法是错误的，易使空调机内积泥积杂质，影响热交换效率，还导致冷凝器一年一度的定期清洗。正确的做法是对冷却水系统，应每周从冷凝器出水口侧按〝三开三关"排污2-3次，对冷冻水系统应每周按此法排污一次。
4、 冷却塔补水管上和冷冻水补水箱的补水管上没有安装自来水表
冷却水和冷冻水补水管上没有安装自来水水表，用户不知道系统中共有多少水，也不知道每日补多少吨水，为运行管理带来了很多麻烦。因为中央空调水处理一般采用药剂处理，必须按补水量和系统水量投药，因此这两块水表在设计时是不能缺省的。
5、 采用软化水做中央空调的补水
冷却水系统和冷冻水系统（冬季为热煤水）的补水采用软化水的这种水处理方法只防垢、不防垢，造成水的腐蚀性比自来水大，导致空调水系统腐蚀，最终还要投药防腐。而且再生废液严重污染地下水，造成地下水污染。尤其是对冷冻水系统（该系统为密闭，补水很小）更不适合。北京每制取1吨软化水就需要向地下排放2-5公斤食盐。由于低压锅炉水质标准（现称为〝工业锅炉水质标准"）GB1576的规定，几乎所有的工业锅炉（压力≤2.5Mpa的锅炉）都采用了软化水做为锅炉的给水。北京市有9000多锅炉房，其中上规模的锅炉房就有2800多个，每年要往地下排几十万吨食盐，造成了地下水永久性的污染，导致人类患高血压、心脏病、癌症机率的增加等。可见使用软化水的危害极大。美国已经禁止使用钠离子交换器。
