在我国，近年来由于化肥的长期过量使用，造成土壤有机质减少和土壤微生物菌群多样性及其功能降低。因此，研究和开发生物有机肥成了必然。生物有机肥是最近几年在微生物技术发展及有机肥的商品化使用的基础上研制而成的新型肥料，它既不是传统的有机肥，也不是单纯的菌肥，是二者的有机结合体，充分利用了自然资源中可持续发展资源，它是以自然中的有机物为基质和载体，加入适量的无机元素，然后科学性地加入有利于土壤结构、作物吸收、元素释放等有益微生物，经特殊工艺加工而成的。其有机质载体大多为作物秸秆、草碳、禽畜粪、生活垃圾等有机废弃物。所含微生物大致为分解菌、固氮菌、解磷菌和解钾菌等。生物有机肥产品除了含有较高的有机质外，还含有具有特定功能的微生物，这是此类产品的特点。
生物有机肥在农业生产中的作用能提高作物产量，改善作物品质
生物有机肥有效地克服了化肥养分单一，供肥不平衡的毛病，注重生物、有机与无机相结合的养分互动互补作用，施用后既可提高作物产量，也可有效改善作物品质，提高农产品的安全性。生物有机肥营养物质释放缓慢，以氮素营养而言多以NH4+或氨基酸形式供给植物，进入植物细胞后无需消耗大量能量和植物光合作用产物，如糖分和有机酸等，直接参与植物细胞物质的合成，故植物生长快，积累的糖分等物质多，农产品质量好，且很少有硝酸盐等有害物质污染。在巴戟天的种植中应用生物有机肥，巴戟天的有效成分甲基异茜草素-1-甲醚、醇溶性糖及多糖均有不同程度的增加。安徽省土肥总站经过几年的有机肥试验、示范表明，西瓜施用有机肥比不施用有机肥的甜度高4～5个百分点，梨子糖分比不施有机肥的高5～6个百分点，且纤维素少，爽甜可口，酸度小。据利用麒丰牌生物有机肥试验也表明：在蔬菜上施用生物有机肥可使菜苔中的硝酸盐含量下降40%，重金属汞、镉、铅的含量依次下降26.9%、83.9%、9.19%，同时还可提高黄瓜、西红柿等果蔬糖酸比。良好品质的食品为人类的健康提供了保证，使得劳动力资源又得到了可持续利用。
能提高土壤肥力，改善土壤理化性状
土壤有机质是土壤肥力的基础，直接影响着土壤的保肥性、保水性、缓冲性和通气状况等。土壤施入生物有机肥后可以大量增加土壤有机质含量，有机质经微生物分解后形成腐殖酸，其主要成分是胡敏酸。它可以使松散的土壤单粒胶结成土壤团聚体，使土壤容重变小，孔隙度增大，易于截留吸附渗入土壤中的水分和释放出的营养元素离子，使有效养分元素不易被固定。另外，由于生物有机肥中含有大量的微生物活体，施入土壤后，使得土壤中微生物量、土壤酶活性显著增加，促进土壤难溶性矿物质养分的释放，同时有些微生物能分泌植物激素从而促进作物生长，有些真菌还能分解土壤中的有机物质，释放出糖类，促进固氮菌的生长，进一步提高了土壤养分有效性，而随着有益微生物增加。这样由于土壤的保肥、保水性能得到加强，从而提高了土壤肥力。
有机质经微生物分解，缩合成新的腐殖质，它能与土壤中的黏土及钙离子结合，形成有机无机复合体，促进土壤结构改良，降低土壤容重，从而可以协调土壤中水、肥、气、热的矛盾，改善土壤理化性状。
能减少或降低植物病虫害的发生
生物有机肥具有改善土壤生态环境及土壤微生物区系的作用，在减少作物病虫害发生方面发挥着更为重要的作用。这是因为在生物有机肥中含有多种非病原微生物菌群，生物有机肥进入土壤后，有益菌在根际大量繁殖，在植物根系区形成优质种群。从而抑制根际病原菌的繁殖。而且能刺激作物生长，使其根系发达，促进叶绿素、蛋白质和核酸的合成，提高作物的抗逆性。
能降低环境污染
目前，我国的化肥施用量逐年上升，这些施入土壤中的化肥除供给作物正常生长外，大部分通过雨水冲刷流失于水中或大气中，导致土壤和农产品的重金属污染、水体的富营养化，直接威胁到人类和动植物的生存。生物有机肥在很大程度上避免了化肥所带来的不利因素，从而为改善环境，实施农业的可持续发展战略作出贡献。