首先就是价格这个最突出的优势，虽然质谱仪的应用越来越广泛，正在逐渐成为主流分析仪器，但高昂的价格，始终还是质谱仪普及的最主要障碍之一。虽然分析检测要求的提高，采用质谱的标准和方法越来越多，使得业内人士普遍认为，质谱不但会出现新的用户，一些原本采用或计划采用色谱和光谱类仪器的用户也可能转而采用质谱。但现实却是，质谱仪的价格普遍远高于光谱和色谱类仪器，而且是至少数倍的差距，即使有着质谱仪的应用需求和意愿，但用户都能接受普遍超过百万元甚至超过千万元的进口质谱仪吗?这实在是一个很大的问题。
作为精密仪器，质谱仪的调试维护等需要密集的服务。国外知名仪器厂商的服务是不错的，但往往需要支付较高的费用，国产仪器在服务费用上很大优势。而且国内知名仪器厂商的服务很多都能做到召之即来，网点也多，在服务响应上的确还是有优势的。国产仪器在服务上的优势，可以抵消一部分进口仪器在质量上的优势，也可以争取一些用户体验上的优势。坚持甚至扩大在服务上的优势，会为国产质谱仪取得不少加分的。